Commit 87d944d2 authored by Romulo Pereira Goncalves's avatar Romulo Pereira Goncalves
Browse files

New output

parent 58de1fee
......@@ -780,6 +780,7 @@
}
],
"source": [
"options(\"rgdal_show_exportToProj4_warnings\"=\"none\")\n",
"if (from_sources == TRUE) {\n",
" libraries <- c(\"rgdal\",\"raster\",\"maptools\",\"spatialEco\",\"randomForest\",\"e1071\",\"devtools\",\"velox\",\"rgeos\",\"leaflet\",\"htmlwidgets\", \"IRdisplay\")\n",
"} else {\n",
......@@ -1000,7 +1001,7 @@
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": null,
"execution_count": 12,
"metadata": {},
"outputs": [
{
......@@ -1008,7 +1009,401 @@
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"init.samples = 50 models = 200\"\n",
"[1] \"class=2 difference=0.76\"\n",
"[1] \"class=4 difference=0.76\"\n",
"\n"
]
},
{
"data": {
"text/html": [
"<iframe src=\"./Data/Results/leaflet.html\" width=1000 height=550></iframe>"
]
},
"metadata": {},
"output_type": "display_data"
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 24\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"n_models = 13\"\n",
"[1] 1\n",
"[1] 2\n",
"[1] 3\n",
"[1] 4\n",
"[1] 5\n",
"[1] 6\n",
"[1] 7\n",
"[1] 8\n",
"[1] 9\n",
"[1] 10\n",
"[1] 11\n",
"[1] 12\n",
"[1] 13\n"
]
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Adjust init.samples/nb.models or auto [../.. or 0]: 0\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"Habitat 1 Done\"\n",
"[1] \"Classification took 11.735330\"\n",
"[1] \"init.samples = 100 models = 215\"\n",
"[1] \"class=4 difference=0.84\"\n",
"\n"
]
},
{
"data": {
"text/html": [
"<iframe src=\"./Data/Results/leaflet.html\" width=1000 height=550></iframe>"
]
},
"metadata": {},
"output_type": "display_data"
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 40\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"n_models = 23\"\n",
"[1] 1\n",
"[1] 2\n",
"[1] 3\n",
"[1] 4\n",
"[1] 5\n",
"[1] 6\n",
"[1] 7\n",
"[1] 8\n",
"[1] 9\n",
"[1] 10\n",
"[1] 11\n",
"[1] 12\n",
"[1] 13\n",
"[1] 14\n",
"[1] 15\n",
"[1] 16\n",
"[1] 17\n",
"[1] 18\n",
"[1] 19\n",
"[1] 20\n",
"[1] 21\n",
"[1] 22\n",
"[1] 23\n"
]
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Adjust init.samples/nb.models or auto [../.. or 0]: 0\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"Habitat 2 Done\"\n",
"[1] \"Classification took 73.487621\"\n",
"[1] \"init.samples = 150 models = 230\"\n",
"[1] \"class=4 difference=0.92\"\n",
"\n"
]
},
{
"data": {
"text/html": [
"<iframe src=\"./Data/Results/leaflet.html\" width=1000 height=550></iframe>"
]
},
"metadata": {},
"output_type": "display_data"
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 42\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"n_models = 24\"\n",
"[1] 1\n",
"[1] 2\n",
"[1] 3\n",
"[1] 4\n",
"[1] 5\n",
"[1] 6\n",
"[1] 7\n",
"[1] 8\n",
"[1] 9\n",
"[1] 10\n",
"[1] 11\n",
"[1] 12\n",
"[1] 13\n",
"[1] 14\n",
"[1] 15\n",
"[1] 16\n",
"[1] 17\n",
"[1] 18\n",
"[1] 19\n",
"[1] 20\n",
"[1] 21\n",
"[1] 22\n",
"[1] 23\n",
"[1] 24\n"
]
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Adjust init.samples/nb.models or auto [../.. or 0]: 0\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"Habitat 3 Done\"\n",
"[1] \"Classification took 74.542457\"\n",
"[1] \"init.samples = 200 models = 245\"\n",
"[1] \"class=3 difference=0.96\"\n",
"\n"
]
},
{
"data": {
"text/html": [
"<iframe src=\"./Data/Results/leaflet.html\" width=1000 height=550></iframe>"
]
},
"metadata": {},
"output_type": "display_data"
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 85\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"n_models = 46\"\n",
"[1] 1\n",
"[1] 2\n",
"[1] 3\n",
"[1] 4\n",
"[1] 5\n",
"[1] 6\n",
"[1] 7\n",
"[1] 8\n",
"[1] 9\n",
"[1] 10\n",
"[1] 11\n",
"[1] 12\n",
"[1] 13\n",
"[1] 14\n",
"[1] 15\n",
"[1] 16\n",
"[1] 17\n",
"[1] 18\n",
"[1] 19\n",
"[1] 20\n",
"[1] 21\n",
"[1] 22\n",
"[1] 23\n",
"[1] 24\n",
"[1] 25\n",
"[1] 26\n",
"[1] 27\n",
"[1] 28\n",
"[1] 29\n",
"[1] 30\n",
"[1] 31\n",
"[1] 32\n",
"[1] 33\n",
"[1] 34\n",
"[1] 35\n",
"[1] 36\n",
"[1] 37\n",
"[1] 38\n",
"[1] 39\n",
"[1] 40\n",
"[1] 41\n",
"[1] 42\n",
"[1] 43\n",
"[1] 44\n",
"[1] 45\n",
"[1] 46\n"
]
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Adjust init.samples/nb.models or auto [../.. or 0]: 0\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"Habitat 4 Done\"\n",
"[1] \"Classification took 65.365530\"\n",
"[1] \"init.samples = 250 models = 260\"\n",
"[1] \"class=3 difference=0.96\"\n",
"\n"
]
},
{
"data": {
"text/html": [
"<iframe src=\"./Data/Results/leaflet.html\" width=1000 height=550></iframe>"
]
},
"metadata": {},
"output_type": "display_data"
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 155\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"n_models = 83\"\n",
"[1] 1\n",
"[1] 2\n",
"[1] 3\n",
"[1] 4\n",
"[1] 5\n",
"[1] 6\n",
"[1] 7\n",
"[1] 8\n",
"[1] 9\n",
"[1] 10\n",
"[1] 11\n",
"[1] 12\n",
"[1] 13\n",
"[1] 14\n",
"[1] 15\n",
"[1] 16\n",
"[1] 17\n",
"[1] 18\n",
"[1] 19\n",
"[1] 20\n",
"[1] 21\n",
"[1] 22\n",
"[1] 23\n",
"[1] 24\n",
"[1] 25\n",
"[1] 26\n",
"[1] 27\n",
"[1] 28\n",
"[1] 29\n",
"[1] 30\n",
"[1] 31\n",
"[1] 32\n",
"[1] 33\n",
"[1] 34\n",
"[1] 35\n",
"[1] 36\n",
"[1] 37\n",
"[1] 38\n",
"[1] 39\n",
"[1] 40\n",
"[1] 41\n",
"[1] 42\n",
"[1] 43\n",
"[1] 44\n",
"[1] 45\n",
"[1] 46\n",
"[1] 47\n",
"[1] 48\n",
"[1] 49\n",
"[1] 50\n",
"[1] 51\n",
"[1] 52\n",
"[1] 53\n",
"[1] 54\n",
"[1] 55\n",
"[1] 56\n",
"[1] 57\n",
"[1] 58\n",
"[1] 59\n",
"[1] 60\n",
"[1] 61\n",
"[1] 62\n",
"[1] 63\n",
"[1] 64\n",
"[1] 65\n",
"[1] 66\n",
"[1] 67\n",
"[1] 68\n",
"[1] 69\n",
"[1] 70\n",
"[1] 71\n",
"[1] 72\n",
"[1] 73\n",
"[1] 74\n",
"[1] 75\n",
"[1] 76\n",
"[1] 77\n",
"[1] 78\n",
"[1] 79\n",
"[1] 80\n",
"[1] 81\n",
"[1] 82\n",
"[1] 83\n"
]
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Adjust init.samples/nb.models or auto [../.. or 0]: 0\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"Habitat 5 Done\"\n",
"[1] \"Classification took 62.097358\"\n",
"[1] \"init.samples = 300 models = 275\"\n",
"[1] \"class=1 difference=1\"\n",
"\n"
]
},
......@@ -1025,9 +1420,310 @@
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 0\n",
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 190\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"n_models = 103\"\n",
"[1] 1\n",
"[1] 2\n",
"[1] 3\n",
"[1] 4\n",
"[1] 5\n",
"[1] 6\n",
"[1] 7\n",
"[1] 8\n",
"[1] 9\n",
"[1] 10\n",
"[1] 11\n",
"[1] 12\n",
"[1] 13\n",
"[1] 14\n",
"[1] 15\n",
"[1] 16\n",
"[1] 17\n",
"[1] 18\n",
"[1] 19\n",
"[1] 20\n",
"[1] 21\n",
"[1] 22\n",
"[1] 23\n",
"[1] 24\n",
"[1] 25\n",
"[1] 26\n",
"[1] 27\n",
"[1] 28\n",
"[1] 29\n",
"[1] 30\n",
"[1] 31\n",
"[1] 32\n",
"[1] 33\n",
"[1] 34\n",
"[1] 35\n",
"[1] 36\n",
"[1] 37\n",
"[1] 38\n",
"[1] 39\n",
"[1] 40\n",
"[1] 41\n",
"[1] 42\n",
"[1] 43\n",
"[1] 44\n",
"[1] 45\n",
"[1] 46\n",
"[1] 47\n",
"[1] 48\n",
"[1] 49\n",
"[1] 50\n",
"[1] 51\n",
"[1] 52\n",
"[1] 53\n",
"[1] 54\n",
"[1] 55\n",
"[1] 56\n",
"[1] 57\n",
"[1] 58\n",
"[1] 59\n",
"[1] 60\n",
"[1] 61\n",
"[1] 62\n",
"[1] 63\n",
"[1] 64\n",
"[1] 65\n",
"[1] 66\n",
"[1] 67\n",
"[1] 68\n",
"[1] 69\n",
"[1] 70\n",
"[1] 71\n",
"[1] 72\n",
"[1] 73\n",
"[1] 74\n",
"[1] 75\n",
"[1] 76\n",
"[1] 77\n",
"[1] 78\n",
"[1] 79\n",
"[1] 80\n",
"[1] 81\n",
"[1] 82\n",
"[1] 83\n",
"[1] 84\n",
"[1] 85\n",
"[1] 86\n",
"[1] 87\n",
"[1] 88\n",
"[1] 89\n",
"[1] 90\n",
"[1] 91\n",
"[1] 92\n",
"[1] 93\n",
"[1] 94\n",
"[1] 95\n",
"[1] 96\n",
"[1] 97\n",
"[1] 98\n",
"[1] 99\n",
"[1] 100\n",
"[1] 101\n",
"[1] 102\n",
"[1] 103\n"
]
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Adjust init.samples/nb.models or auto [../.. or 0]: 0\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"Habitat 6 Done\"\n",
"[1] \"Classification took 61.119719\"\n",
"[1] \"init.samples = 350 models = 290\"\n",
"[1] \"class=1 difference=0.96\"\n",
"\n"
]
},
{
"data": {
"text/html": [
"<iframe src=\"./Data/Results/leaflet.html\" width=1000 height=550></iframe>"
]
},
"metadata": {},
"output_type": "display_data"
},
{
"name": "stdin",
"output_type": "stream",
"text": [
"Threshold for Habitat Extraction or Sample Again [../0]: 280\n"
]
},
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"[1] \"n_models = 149\"\n",
"[1] 1\n",
"[1] 2\n",
"[1] 3\n",
"[1] 4\n",
"[1] 5\n",
"[1] 6\n",
"[1] 7\n",
"[1] 8\n",
"[1] 9\n",
"[1] 10\n",
"[1] 11\n",
"[1] 12\n",
"[1] 13\n",
"[1] 14\n",
"[1] 15\n",
"[1] 16\n",
"[1] 17\n",
"[1] 18\n",
"[1] 19\n",
"[1] 20\n",
"[1] 21\n",
"[1] 22\n",
"[1] 23\n",
"[1] 24\n",
"[1] 25\n",
"[1] 26\n",
"[1] 27\n",
"[1] 28\n",
"[1] 29\n",
"[1] 30\n",
"[1] 31\n",
"[1] 32\n",
"[1] 33\n",
"[1] 34\n",
"[1] 35\n",
"[1] 36\n",
"[1] 37\n",
"[1] 38\n",
"[1] 39\n",
"[1] 40\n",
"[1] 41\n",
"[1] 42\n",
"[1] 43\n",
"[1] 44\n",
"[1] 45\n",
"[1] 46\n",
"[1] 47\n",
"[1] 48\n",
"[1] 49\n",
"[1] 50\n",
"[1] 51\n",
"[1] 52\n",
"[1] 53\n",
"[1] 54\n",
"[1] 55\n",
"[1] 56\n",
"[1] 57\n",
"[1] 58\n",
"[1] 59\n",
"[1] 60\n",
"[1] 61\n",
"[1] 62\n",
"[1] 63\n",
"[1] 64\n",
"[1] 65\n",
"[1] 66\n",
"[1] 67\n",
"[1] 68\n",
"[1] 69\n",
"[1] 70\n",
"[1] 71\n",
"[1] 72\n",
"[1] 73\n",
"[1] 74\n",
"[1] 75\n",
"[1] 76\n",
"[1] 77\n",
"[1] 78\n",